藏学研究所成立于1982年，称塔尔寺文献研究所，1983年改称塔尔寺藏族历史文献研究所，与民族宗教研究所合署办公，1987年分署改为现称。历任所长：陈庆英、何峰、马林；历任副所长：张田友、何峰、谢热、加羊达杰；现任副所长旦正加，研究人员4名，其中研究员1人，副研究员2人，助理研究员1人。
藏学研究所一直致力于我国藏学研究学科建设，推动藏学研究繁荣发展，开展多方面的深入系统研究，取得了丰硕成果。截至目前，藏学研究所共出版学术专著、译著、工具书、古籍整理（含参与）等90余部，发表论文、研究报告900余篇，完成国家社会科学基金立项课题15项。其中3项成果分别获得中国藏学研究“珠峰奖”一等奖、三等奖；30项成果先后获得青海省哲学社会科学优秀成果一等奖、二等奖、三等奖和荣誉奖。出版《中国藏族部落》《藏族部落制度研究》《果洛藏族社会》《〈格萨尔〉与藏族部落》《历辈达赖喇嘛与中央政府关系研究》《历辈达赖喇嘛形象历史》《蒙藏民族关系史略》《元朝帝师八思巴》《藏族生态文化》《历史的神奇与神奇的历史—五世达赖喇嘛传》《传统与变迁－藏族传统文化的历史演进及其现代化变迁模式》《角斯部落发展史》（藏文）、《论藏密艺术》《村落·信仰·仪式—河湟流域藏族民间信仰文化研究》《观念、信仰与习俗：藏族崇“央”文化的本土解读》（藏文）等多部学术专著；出版《汉藏史集》《三世、四世达赖喇嘛传》《五世达赖喇嘛传》《章嘉若必多杰传》《夏琼寺志》《汉文史籍中有关藏族史料选译》《十世班禅佛学文集（选译）》《艺术的起源》等一批译著；整理出版《热贡族谱》《宇妥宁提》等藏文古籍文献30多部；发表《西夏与藏族的历史、文化、宗教关系试探》《论吐蕃的军事战略与战术》《藏族传统文化的价值结构分析》《汉藏史学传统若干问题的比较》《藏传佛教宁玛派密咒师研究现状及学术价值》《青海三江源地区牧民贫困问题研究——以达日县典型牧户为个案》《青海省推行藏传佛教寺院“三种管理模式”成效及经验》《现阶段青海藏传佛教“游僧”治理问题研究》《青海省黄南藏族自治州基层社会治理的探索与实践》等学术论文、调研报告。其中2篇调研报告获中央领导的重要批示，13篇调研报告获?。ú浚┘读斓伎隙ㄐ耘?，充分发挥了为省委省政府建言献策和咨政服务功能。
