民族与宗教研究所是我院优长特色学科研究机构之一，其前身是1978年成立的民族研究室和宗教研究室。现有研究人员5名，由汉族、藏族、土族、撒拉族四个民族组成，其中研究员2人、助理研究员3人。该所历任所长为：刘醒华、蒲文成、穆兴天、马连龙、鄂崇荣；历任副所长：蒲文成、拉毛扎西、穆兴天、吕建福、拉毛措、马连龙、鄂崇荣、吉乎林；现任所长鄂崇荣。
该所成立以来始终坚持以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观、习近平新时代中国特色社会主义思想作为科研工作指南，始终坚持以马克思主义基本立场、观点、方法深入观察和研究青海民族宗教问题；坚持紧跟时代步伐，以人民为中心，努力以高质量成果奉献社会。2020年以来，根据国家战略、青海发展、智库服务等需要，在加强具有青海地方特色和民族宗教特色基础理论研究的同时，坚持问题导向、目标导向，聚焦青海各民族铸牢中华民族共同体意识、宗教坚持中国化方向等重要问题和相关问题。
该所先后出版的主要专著有《中国密教史》《觉囊派通论》《甘青藏传佛教寺院》《塔尔寺概况》《藏传佛教与藏族社会》《藏文化与藏族人》《大日经研究》《批判精神》《章嘉国师传》《历辈达赖喇嘛与中央政府关系研究》《藏密溯源》《青海民间信仰》《土族民间信仰解读》《高原彩虹》等；合作编写《青海少数民族》《藏文古体诗格举例汇编》《青海藏传佛教寺院明鉴》《历代达赖喇嘛与班禅额尔德尼年谱》《邓小平民族理论与实践》《藏族生态文化》《镜鉴—青海民族工作若干重大历史事件回顾》《佛教二百题》《中国百县市调查湟中县》《中国少数民族现状与发展研究丛书·玛沁县·藏族卷》《中国少数民族现状与发展研究丛书·互助县·土族卷》《青海藏族人口》《守望精神家园》《青海藏区社会稳定研究》《青海建设民族团结进步先进区读本》等著作和书籍；主要译著有《七世达赖喇嘛传》《六世班禅洛桑巴丹益希传》《佑宁寺志》《如意宝树史》《西藏简明通史》《夏琼寺志》等。
先后主持或合作《历代达赖喇嘛与中央政府关系》《多元文化背景下多民族民间信仰互动共享与变迁研究》《藏传佛教在港澳台地区的传播与发展态势研究》《藏传佛教在港澳台地区的传播与发展态势研究》《青海特色民族饮食文化的传承与发展研究》《青海蒙古语地名研究》《涉藏地区多元宗教共存历史与现状研究》《昆仑文化与中华文明》《<十三世达赖喇嘛传>译注》等国家社科重大、一般、西部项目近20项。
从2013年以来，该所已经连续9年被评为青海省社会科学院先进部门，2019年被评为青海省社会科学院民族团结进步先进集体。截至2021年底，近30篇智库报告得到中央领导和中共青海省委主要领导批示，民族与宗教研究所共有30多项成果获省部级以上奖励，其中获全国性、省部级优秀科研成果一等奖5项、二等奖12项、三等奖12项、鼓励奖8项、入选奖3项。
